Sadece mamografide görülüp sonografide yeri tespit edilemeyen mikrokalsifikasyon ve yapısal bozulma sahalarının biyopsisinde en iyi yöntem stereotaksi veya tomosentez rehberliğinde hedef lezyondan biyopsi yapılmasıdır.

Günümüzde gelişen teknoloji ile artık mikrokalsifikasyonlarda tomosentez rehberliğinde biyopsi stereotaksik biyopsinin yerini almaya başlamıştır. Tomosentez rehberliğinde biyopsiler stereotaktik biyopsilerden daha hızlı ve daha yüksek hedefleme başarısı ile yapılmaktadır. 

Tomosentez görüntüleri rehberliğinde sıklıkla vakum iğne sistemleri ile biyopsi yapılmaktadır. vakum iğneleri ile biyopsi yapabilen yazılım ve donanımlar yakın zamanda geliştirilmiştir. Yüksek teknolojili bu sistemler ile en iyi tomosentez imajlarında görüntülenebilen şüpheli mikrokalsifikasyonlardan ve yapısal bozulma alanlarında yüksek hassasiyet ile vakum biyopsi (doku örneklemesi) yapılabilmektedir.